Nous voici en l'an 1914. La grande nation d'Amestris, la terre sainte de l'alchimie, est toujours en dictature, sous la présidence du Fuhrer King Bradley. Ce pays compte plus de 50 millions d'habitants, et poursuit lentement son développement. L'alchimie est une science universelle qui permet de décomposer ou recomposer la matière, tout en reposant sur le principe de l'échange équivalent. Ceux qui font usage de cette science sont souvent au service de l'armée, c'est-à dire des alchimistes d'état.
Cinq années se sont déjà écoulées après la grande guerre d'Ishval, un événement qui avait secoué tout le pays. Ce fut un génocide du peuple Ishval perpétré par le gouvernement d'Amestris. Gravée dans l'histoire à tout jamais, cette guerre sanglante aura fait beaucoup de victimes... Amestris reste cependant encore en état d'alerte. En effet, il y a des conflits à Drachma, au Nord, ( même si ils ont passé tous les deux un pacte de non-agression ), au Sud, avec Aerugo, puis, Creta, à l'Ouest.
Bien que les amestriens ne le remarquent pas, une grande menace plane au dessus de leur pays... Le sang coule chaque jour... Est-ce seulement un simple hasard ? La Pierre Philosophale... Une substance rougeâtre légendaire, connue pour sous diverses formes ( Liquide, cristal... ), qui avait le pouvoir de faire de vrais miracles. Elle était convoitée par beaucoup, mais on ne savait même pas si elle existait réellement. Ceux qui en savaient trop à ce sujet, furent mystérieusement assassinés...